Programación en R aplicada a bioinformática

Principales contenidos

  • R: Instalación, desarrollo (IDE), E/S, análisis estadísticos básicos, sapply, gráficas, bioconductor.

Detalles

Tipo: Obligatoria
ECTS: 3
Semestre (duración): 1º (septiembre)
Ficha en PDF: Descargar.

Docentes

Carlos Prieto (cprietos@usal.es)

Descripción

Como resultados de aprendizaje el estudiante tendrá la capacidad de utilizar el software estadístico R. Trabajará de forma efectiva en el entorno de programación de R y será capaz de consultar las fuentes de ayuda existentes. Será capaz de instalar paquetes de CRAN y Bioconductor. Realizará operaciones matemáticas en R. Diferenciará las diversas estructuras de datos en R, sabrá reconocer cual es la más idónea para cada caso y será capaz de utilizarlas. Sabrá leer y escribir ficheros de datos en los formatos más populares. Conocerá y ejecutará las funciones fundamentales para el uso de R. Realizará representaciones gráficas de datos con R. Programará instrucciones condicionales y bucles. Empleará las funciones apply de R. Será capaz de entender y adaptar protocolos de análisis bioinformático en R.

Contenidos

Para obtener los resultados de aprendizaje previstos, se planea impartir los siguiente contenidos:

  1. Introducción a R y a los lenguajes de programación.
  2. Entorno de programación R.
  3. Estructuras de datos.
  4. Lectura y escritura de archivos.
  5. Creación/Acceso/Modificación de estructuras de datos.
  6. Funciones fundamentales en R.
  7. Representaciones gráficas en R.
  8. Estructuras de control y funciones apply en R.
  9. Creación de protocolos bioinformáticos en R.